Die einstige ‘Königin der Hanse’ kann auf eine lange und reiche Orgelbaugeschichte zurückblicken. 
Bereits im 14. Jahrhundert wird von dem Vorhandensein von Orgeln berichtet. In den großen Innenstadtkirchen befanden sich sogar zwei oder mehr Pfeifeninstrumente, eine große repäsentative Westorgel und in den Seitenschiffen Instrumente für Andachten.
Im Lauf der Jahrhunderte wurden die Lübecker Orgeln dem jeweiligen Klangideal durch Ergänzungen, Erweiterungen und Austausch von Registern angepasst oder durch Neubauten ersetzt. Allerdings verfuhr man in Lübeck so, dass die wunscherschönen, prachtvollen und sehr wertvollen Gehäuse allesamt stehen blieben und viele Register, wie in Norddeutschland bis in das 19. Jahrhundert hinein üblich, für die Erneuerungen und Reparaturen wiederverwendet wurden.
Erst im Zweiten Weltkrieg bei der Bombardierung Lübecks in der Palmsonntagsnacht 1942, wurden die Gehäuse mit Instrumenten im Dom, in St. Petri und St. Marien zerstört. Glücklicherweise blieb die östliche Stadthälfte mit St. Jakobi (Große Orgel und Stellwagen-Orgel) und St. Aegidien (Prospekt der Scherer-Orgel) verschont. Die Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg war bestimmt durch den Wiederaufbau der Innenstadtkirchen und den Neubau von Kirchen außerhalb der Innenstadt, da durch die vielen Flüchtlinge die Bevölkerungszahlen Lübecks stark anstiegen. Im Dom und in St. Marien wurden die durch den Krieg verloren gegangenen Instrumente durch Neubauten ersetzt. In St. Jakobi erfolgte eine große Restaurierung der Stellwagen-Orgel (1977/78) und der Neubau der Großen Orgel.
St. Aegidien bekam 1982 eine neue Orgel hinter den historischen Prospekt. Im Dom fand eine historische, ursprünglich von der Musikhochschule Lübeck erworbene, italienische Orgel einen festen Platz. Gespannt schaut die Orgelwelt auf die zukünftige Entwicklung der ’Orgelstadt Lübeck’.
Orgeln in Kirchen, die nach 1950 erbaut wurden
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Auferstehungskirche
1980 Gebr. Hillebrand (Altwarmbüchen)
15 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Markus
1972/73 Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck)
19 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Friedrich von Bodelschwingh-Kirche
1984 Rieger-Orgelbau (Schwarzach, Österreich)
24 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Martin
1965 E. F. Walcker (Murrhardt )
20 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Dietrich-Bonhoeffer-Kapelle
1968 Wilhelm Sauer (Frankfurt/ Oder)
8 Register, ein Manual und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Philippus
1958 Friedrich Weigle (Echterdingen) opus 1032
19 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische
Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Bugenhagen-Kirche
1996 Emil Hammer (Hannover)
24 Register (davon 4 Transmissionen), zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleiflade
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St. Stephanus
1969 Wilhelm Sauer (Frankfurt/ Oder)
17 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Dreifaltigkeitskirche
1967 Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck)
18 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Thomas
1982 Detlef Kleuker (Brackwede)
15 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Kreuzkirche
1974 Klaus Becker (Kupfermühle)
14 Register, zwei Manuale und Pedal
mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Johann-Hinrich-Wichern-Kirche
1970 Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck)
22 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spieltraktur, elektrische Registertraktur, elektronische Setzeranlage, Schleifladen
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Paul-Gerhardt-Kirche
1964 Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck)
Umbau 1999 durch H-O. Paschen Orgelbau (Kiel)
16 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Versöhnungskirche Travemünde
2008 Kristian Wegscheider (Dresden)
14 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Augustinus
1973 Emil Hammer (Hannover)
10 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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Festsaal der Vorwerker Diakonie
1991/199 G. Christian Lobback (Neuendeich)
8 Register, zwei Manuale und Pedal, mechanische Spiel- und Registertraktur, Schleifladen
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St. Christophorus
1949 Emanuel Kemper & Sohn (Lübeck)
seit 1957 in St. Christophorus
12 Register, zwei Manuale und Pedal, elektro-pneumatische Spiel- und Registertraktur
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