Der Kirchenkreis ist der Aufsichts- und Verwaltungsbezirk für 56 rechtlich selbstständige Kirchengemeinden und übergemeindliche Dienste und Werke. Er gliedert sich die beiden Bezirke Hansestadt Lübeck und Herzogtum Lauenburg und ist für alle Aufgaben zuständig, die den örtlichen Bereich der Kirchengemeinde überschreiten. In allen wichtigen Entscheidungsgremien sind Ehrenamtliche mehrheitlich vertreten.

Oberstes Beschlussgremium ist die Kirchenkreissynode. Aus seiner Mitte wird der Kirchenkreisvorstand berufen, der unter der Leitung von zwei Pröpstinnen die Geschicke des Kirchenkreises leitet. Vorsitzende des Kirchenkreisvorstandes sind die Pröpstin des Bezirkes Hansestadt Lübeck, Petra Kallies, und die Pröpstin des Bezirkes Herzogtum Lauenburg, Frauke Eiben.

Dienstsitz von Pröpstin Petra Kallies ist das Verwaltungszentrum in Lübeck in der Bäckerstraße 3-5, Dienstsitz von Pröpstin Frauke Eiben das Petri-Forum in Ratzeburg. Die Pröpstinnen des Kirchenkreises Lübeck-Lauenburg sind für die geistliche Leitung des Kirchenkreises verantwortlich und werden unterstützt durch Presse&Projekte, die direkt an den Kirchenkreisvorstand angebunden sind und Aufgaben im gesamten Kirchenkreis wahrnehmen. Der Kirchenkreisvorstand führt außerdem die Aufsicht über die Verwaltung.